「Wowza Streaming Engine Pro」の「恒久ライセンス」と「サブスクリプション」 は、機能の差はありますか？

機能的な差はありません。

ただし、Perpetual Edition （恒久ライセンス）は、メンテナンスを継続されない場合は、ご利用になられるソフトウェアのバージョンは、メンテナンスをお支払いになった期間までの最終バージョンとなります。一方、サブスクリプションは、サービスの契約を継続していただく限りにおいて、最新バージョンを使い続けることができます。