USB ドングル版は VMWare 上の仮想マシンにも利用できますか？

はい、ご利用になれます。VMWare 上の仮想マシンで USB ドングルを利用するには、ホストマシンの物理 USB ポートを仮想マシンからアクセス出来るように設定する事で利用できます。