Amazon EC2 などのクラウド上に Wowza をインストールして利用した場合、DPSJ の「Wowza 標準メール技術サポート」のサポートを受けることは可能でしょうか？

問題ありません。ただし Linux に習熟したエンジニアがいないため DPSJ のサポートサービスをご利用いただく場合は Windows 版のご利用をお勧めしております。